Jego płuca były równie przerażające. Lekarze opisali tkankę jako skorodowaną, z objawami poważnych, przewlekłych infekcji i rozkładu. Karl przez całe życie cierpiał na choroby układu oddechowego – przewlekłe zapalenie oskrzeli, zapalenie płuc, a może nawet gruźlicę. Jego płuca gniły od środka, sprawiając, że każdy oddech w ostatnich latach życia był dla niego udręką. W połączeniu z jego maleńkim sercem, cały jego układ sercowo-naczyniowy był w ruinie.
Dziwaczne odkrycie w raporcie głosi, że w ciele nie było „ani jednej kropli krwi”. Choć mogło to być przesadą jak na tamte czasy, sugeruje to skrajną anemię lub całkowite załamanie układu krążenia na krótko przed śmiercią. Obraz króla, z którego w końcu odpłynęła krew, jest wymownym symbolem wyczerpania jego organizmu.
Wątroba była czarna i stwardniała. Zdrowa wątroba jest czerwonobrązowa i miękka, ale wątroba Karla została zniszczona przez dziesięciolecia „medycznych” terapii toksynami takimi jak rtęć, antymon i arsen. Czarne przebarwienie wskazywało na martwicę lub zaawansowanego raka wątroby. Ponieważ wątroba nie filtrowała już toksyn ani nie produkowała białek, doprowadziło to do znacznego zatrzymania płynów, które spowodowało obrzęk jego ciała w ostatnich dniach.
Jego układ pokarmowy również znajdował się w stanie rozkładu. Jego jelita opisywano jako zgniłe i objęte gangreną. Ponieważ Karol, z powodu swojej niezwykle dużej szczęki habsburskiej, nie mógł żuć, połykał pokarm w całości przez prawie cztery dekady. Doprowadziło to do przewlekłego stanu zapalnego i ostatecznie do obumarcia części jelit jeszcze za jego życia, wywołując śmiertelną sepsę.
