Szczególnie przerażający był stan jego nerek. Lekarze znaleźli tylko jedną nerkę, i to daleką od zdrowej. Zawierała trzy ogromne kamienie, które musiały wrzynać się w jego ciało niczym odłamki szkła przy każdym ruchu króla. Ta nerka była przyczyną jego cierpienia w ostatnich latach, przyczyną ogromnego obrzęku twarzy i nóg. Toksyny, których nie dało się już odfiltrować, przedostały się z powrotem do krwiobiegu, powoli zatruwając mózg. Doprowadziło to do zaburzeń psychicznych, które inkwizytorzy błędnie zinterpretowali jako opętanie przez demona. W rzeczywistości król tonął we własnych odchodach.
Ale najciemniejszy sekret krył się w lędźwiach króla. Niezdolność Karola do spłodzenia dziedzica była politycznym wyrokiem śmierci dla Imperium Hiszpańskiego. Badanie wykazało, że posiadał tylko jedno jądro, które było „czarne jak heban”. Był bezpłodny, biologicznie nieuleczalny. Współcześni lekarze, którzy badali te historie przez wieki, podejrzewają teraz złożoną kombinację zespołu Klinefeltera i kwasicy kanalikowej nerek. Karol był człowiekiem genetycznie skazanym na nieotrzymanie dziecka, uwięzionym w ciele, które nie było ani w pełni męskie, ani funkcjonalne.
