Batalia prawna ciągnęła się od marca do kwietnia 1860 roku, obie strony gromadziły dowody i opinie ekspertów. 12 kwietnia 1861 roku siły Konfederatów ostrzelały Fort Sumpter i wybuchła wojna secesyjna. W ciągu kilku tygodni cała uwaga w Georgii skupiła się na wysiłku wojennym. Sprawa Margaret, która powoli przechodziła przez system prawny, została odroczona na czas nieokreślony.
Szeryf Pritchard został powołany do służby wojskowej. Sędzia rozpatrujący sprawę odszedł, aby pełnić funkcję doradcy wojskowego. Biuro archiwów hrabstwa, które gromadziło dowody, zostało zamknięte, ponieważ pracownicy zaciągnęli się lub uciekli. Margaret, wciąż przebywająca w areszcie domowym, ale niebędąca już w trakcie postępowania karnego, dostrzegła szansę.
W czerwcu 1861 roku sprzedała Belmont konsorcjum inwestorów z Savannah, twierdząc, że musi się przeprowadzić ze względów zdrowotnych. Sprzedaż obejmowała całą nieruchomość z wyjątkiem budynków kompleksu, które Margaret po cichu rozebrała między kwietniem a majem. Spaliła to, co dało się spalić, zakopała to, co dało się zakopać, rozrzucając dowody po całej posesji.
Nabywcy nie byli zainteresowani tą posiadłością. Chcieli tylko produktywnych gruntów rolnych. Margaret przeniosła się do Alabamy, do małej posiadłości niedaleko Mobile i zniknęła z rejestru publicznego. Ostatni potwierdzony przypadek jej obecności miał miejsce w 1863 roku, kiedy sąsiad zgłosił, że widział potwornie otyłą kobietę mieszkającą samotnie w zrujnowanym domu na obrzeżach Mobile. Potem nic się nie działo.
Mogła zginąć w czasie wojny, przemieścić się dalej na zachód, a może po prostu zniknąć w chaosie rozpadającej się Konfederacji. Nigdy nie sporządzono aktu zgonu. Nie zidentyfikowano żadnego grobu. Margaret Dunore po prostu przestała istnieć w oficjalnych dokumentach po 1863 roku. Thomas, chłopiec będący w centrum eksperymentu Margaret, spotkał inny los.
