Przez ponad 13 lat udokumentowała dziesiątki narodzin. Ale zapisy wskazywały również na coś mroczniejszego. Wysoki wskaźnik śmiertelności, zwłaszcza wśród niemowląt, i liczne zaginięcia. Prawda o tych zaginięciach była prawdopodobnie najciemniejszym aspektem. Kiedy dzieci rodziły się z tym, co Margaret nazywała cechami degeneracyjnymi, poważnymi deformacjami lub problemami zdrowotnymi, nie przeżywały długo.
W jej dokumentacji odnotowano, że nie rozwijały się prawidłowo lub zmarły z powodu naturalnego osłabienia. Jednak świadkowie, którzy zgłosili się po śmierci Margaret, opowiedzieli inne historie. Opisywali niemowlęta zabrane wkrótce po urodzeniu i nigdy więcej ich nie widziano. Opisywali niewielki cmentarz w głębi sosnowego lasu, oznaczony jedynie ponumerowanymi drewnianymi palikami.
Opisali miedzianą piwnicę, w której Margaret przechowywała okazy biologiczne w słoikach z alkoholem, w tym niektóre o niepokojąco ludzkim wyglądzie. Thomas nie miał o tym pojęcia w młodości. Jego świat składał się z jego pokoju, sali lekcyjnej, sali egzaminacyjnej i okazjonalnie z podwórka, gdzie Margaret pozwalała mu ćwiczyć pod nadzorem.
Dbała o jego zdrowie, dbając o odpowiednie odżywianie, świeże powietrze i aktywność fizyczną. Chodziło jednak o zarządzanie zwierzętami gospodarskimi, a nie o współczucie. Gdy Thomas zbliżał się do czternastych urodzin w 1857 roku, lekcje Margaret nabrały nowego wymiaru. Zaczęła szczegółowo wyjaśniać biologię rozrodu, korzystając z diagramów anatomicznych i zachowanych okazów.
Z kliniczną precyzją omawiała poczęcie, ciążę i narodziny. Wyjaśniała dziedziczenie genetyczne, coraz bardziej podkreślając jego unikalne cechy. „Reprezentujesz coś niezwykłego” – powiedziała mu podczas jednej z lekcji, obserwując go z wyrachowaną intensywnością. „Twój albinizm jest czystym wyrazem cech recesywnych”.
