Kiedy w styczniu 1860 roku zamknięto kompleks, Thomas został objęty ochroną sądową. Robert Chen, czując się osobiście odpowiedzialny za los Thomasa, zorganizował mu tymczasowe zakwaterowanie u rodziny kwakrów w Savannah, która sprzeciwiała się niewolnictwu i zgodziła się zaopiekować nim podczas postępowania sądowego. Kiedy wybuchła wojna i sprawa Margaret została odroczona, Thomas pozostał u tej rodziny.
Kwakrzy, małżeństwo Daniela i Abigail Hargrove, traktowali Thomasa z prawdziwą życzliwością, pierwszą, jakiej doświadczył od czasu, gdy został sprzedany w wieku 11 lat. Kontynuowali jego edukację, uczyli go praktycznych umiejętności, a co najważniejsze, traktowali go jak człowieka, a nie okaz. Kiedy w 1863 roku ogłoszono Proklamację Emancypacji, Thomas był prawnie wolny.
Chociaż praktyczne aspekty wolności dla 17-letniego albinosa w samym środku strefy wojennej były skomplikowane, Thomas pozostał z rodziną Harrove przez całą wojnę i odbudowę. Nauczył się stolarstwa i zdobył wystarczające umiejętności, aby się utrzymać. W 1869 roku, w wieku 23 lat, poślubił wolną kobietę o imieniu Rebecca Williams, z którą miał troje dzieci.
Żadne z dzieci nie wykazywało albinizmu. Wszystkie były zdrowe i dożyły dorosłości. Thomas pracował jako cieśla w Savannah przez ponad 30 lat, wiódł spokojne życie i rzadko opowiadał o swoich latach spędzonych w Belmont, z wyjątkiem żony, której całkowicie ufał. Robert Chen kontynuował karierę medyczną, ale doświadczenie zdobyte w Belmont zmieniło go fundamentalnie.
