Budził się każdego ranka o 6:00, kiedy Margaret osobiście otwierała mu drzwi – rutyna, którą utrzymywała, aby zapewnić sobie całkowitą władzę. Wchodziła z miarką krawiecką i notesem, zapisując jego wzrost na podstawie oznaczeń na framudze drzwi. Raz w tygodniu ważyła go na wadze sprowadzonej z Filadelfii.
Raz w miesiącu przeprowadzała kompleksowe badanie fizykalne, które trwało ponad godzinę, mierząc każdy aspekt jego rozwoju z kliniczną precyzją. Po porannych pomiarach Thomas otrzymywał na śniadanie papkę kukurydzianą, sporadycznie dodawaną do mleka lub melasy. Margaret precyzyjnie obliczyła zapotrzebowanie kaloryczne niezbędne do optymalnego wzrostu.
O 7:00 rozpoczęła się jego edukacja. Margaret zatrudniła korepetytora, nerwowego młodego mężczyznę z Savannah o imieniu Christopher Vance, który przychodził dwa razy w tygodniu, aby uczyć czytania, pisania i arytmetyki. Vance był przekonany, że uczestniczy w postępowych badaniach, sprawdzających, czy dzieci zniewolone potrafią uczyć się przedmiotów akademickich. Nie miał pojęcia o szerszym projekcie Margaret.
Thomas okazał się wybitnym uczniem, przyswajając wiedzę z imponującą szybkością. Pod koniec pierwszego roku potrafił czytać złożone teksty, pisać wyraźnym pismem i wykonywać zaawansowane obliczenia matematyczne. Margaret wydawała się zadowolona, choć jej zadowolenie przejawiało się raczej w klinicznej aprobacie niż serdeczności. Przydzielała mu książki ze swojej biblioteki: podręczniki anatomiczne ze szczegółowymi ilustracjami, podręczniki rolnicze o hodowli zwierząt gospodarskich oraz książki z zakresu filozofii przyrody, omawiające dziedziczność i zmienność.
Ale prawdziwy cel jego edukacji stał się jasny podczas prywatnych lekcji Margaret. Siedziała naprzeciwko Thomasa w jednej z sal szkolnych, między którymi wisiały plansze anatomiczne, i wyjaśniała mu swoje teorie. Pokazała mu, jak cechy przekazywane są z rodziców na dzieci, pokazała plansze dokumentujące hodowlę koni i wyjaśniła, jak pożądane cechy można uzyskać poprzez staranną selekcję.
